Люди, огромная просьба, помочь новичку в освоении этой нелегкой темы.
Пока не знаю даже с чего начать. Порылся по Инету, информации - море, изучай - не хочу. Но как я понял этих направлений в драг дизайне большое множество, возможно из форумчан есть люди опытные, которые работали с этим или изучали самостоятельно.
Ну что вы человеку заканчивающему ВУЗ, можете порекомендовать по этому вопросу. Что интересует:
1. Что сейчас модно и перспективно?
2. С чего начать учить? (ссылки, книги и тп)
3. Есть какая нить инфа на русском?
4. Какие программки для этого использовать и опять же какие из них есть смысл изучать?
Понимаю, что наверное ткнул пальцем в небо, но прошу хотя бы направить на пусть истины 🙂
А что кроется под "истинными методами", если не секрет 🙄
А то вы все загадками говорите.... 🙂
tetiana, а что Вы можете сказать вот про эту компанию и их программы: http://www.tripos.com/index.php
?
Извините, временно выпала из этого форума в литературный 🙂 Но здесь мне больше нравится.
Tripos производит коммерческие продукты, это как системный интегратор от drug design. У них самые лучшие проги для докинга, которые учитывают подвижность аминокислот в молекуле-мишени. Вроде они купили прогу для 3D-QSAR coMFA, особенную такую прогу, которую придумал отец-основатель квантовой фармакологии. Все их проги ориентированы на удобство в обращении и самые передовые тенденции в мед. химии. Короче, это самая модная компания в нашем деле. Но на письма студентов с просьбами дать демо-версию мне они не не ответили.
Предыдущий вопрос (об истинных программах) - философский 😉 Я так называю проги, которые соответствуют двум целям - работать в ногу с продвинутыми людьми и получать практически-значимый результат. Квантум, о кот. шла речь, выпускает проги, облегчающие жизнь исследователю, но от реальных результатов они просто Вас отдаляют (это только мое мнение).
Как продвигаетесь в обучении? Нашли подходящую компанию или расчитываете достичь успеха в одиночку? Наша группа начала совместный академический проект с немцами по QSAR, возможно, Вам это тоже будет интересно.
Спасибо за объяснения!
Пока что жду книжку из Москвы по мед. химии (которую вы указали выше) и читаю зарубежные сайты.
Ах да, совсем забыл, у меня еще идет ожесточенная борьба с этим Линуксом, пытаюсь поставить его и заставить хоть что то под ним работать.
короче, пока преодалеваю начальные трудности...
На счет того пытаться самому или искать исследовательскую группу, пока еще не решил, но думаю скоро дойду и до этого вопроса, особенно когда глубже въеду в тему...
Группа я думаю будет проще и помощи больше, самому тяжело наверное будет...
Попробую написать в этот Трипос ради интереса... а вдруг 😎
Меня удручает то, что мы тут с Вами одни похоже этим вопросом интересуемся, другим либо не интересно, либо не в теме того, что таким пользуются в Мире... Жаль...
Да, согласна, поговорить особо не с кем. На меня в России сильное впечатление произвела картина: идут две бабушки, спорят, что круче - докинг или комбинаторная химия)))))))
В августе была на лекциях одного из выдающихся деятелей QSAR. Показала свои работы - он говорит: ну, вот это замените, на этот сайт сходите базу сделайте - производительность вырастет больше, чем в 100 раз... Эту бы информацию мне 3 года назад 🙁 Вот и результаты у нас соответствующие от изолированности.
@tetiana писал(а):
две бабушки, спорят, что круче - докинг или комбинаторная химия)))))))
Н-да... Ну это круто.. 🙂
@tetiana писал(а):
В августе была на лекциях одного из выдающихся деятелей QSAR. Показала свои работы - он говорит: ну, вот это замените, на этот сайт сходите базу сделайте - производительность вырастет больше, чем в 100 раз...
С умными людьми всегда интересно общаться - растет и твой уровень!
А вы не посоветуете какие либо зарубежные статьи еще для начала почитать, а я тут на форуме запросик на них сделаю или может у Вас они есть, может выложите?
tetiana
такой вопрос, работали ли Вы с пакетом Schrodinger?
Что можете порекомендовать для начала в его получении/освоении?
Спасибо!
Ну вот, один единственный человек и тот куда то пропал....
tetiana где Вы?, что со статьями то? Какие порекомендуете мне 🙁
Антон Мымриков, а что это за Schrodinger, мне тоже интересно! 🙂
Линукс мне уже один добрый человек поставил, пока разбираюсь много нового и необычного...
Тема вот вот и пропадет...
Можно вопрос, по Линуксу?
Что такое deb-пакет, rpm-пакет, тарбол? Надеюсь правильно написал.
Если вкратце, то примерно так:
Все дистрибутивы Линукса можно разделить на три ветки:
- Debian-производные: Debian, Ubuntu и т.п.
- Red Hat-производные: Red Hat, Fedora, Mandriva, Alt- ASP-линукс и т.п.
- Slackware-производные
У каждого из них свой собственный формат установочных пакетов:
У первой группы: .deb
У второй: .rpm
У третьей: .tar.gz
Первые два - это уже готовые бинарные пакеты, вы их просто устанавливаете и все. Третий - это исходные тексты программы на С/С++ сжатые двумя архиваторами tar и gz, чтобы её запустить, её нужно собрать в бинарный вид для этого вам надо распаковать архив в любую папку, там будут файлики Readme и Install в каждом из них есть инструкции по сборке. Как правило для сборки в системе должны быть установлены следующие программы:
- make
- automake
- gcc
возможно какие-то библиотеки, об этом вам напишет сборщик пакета в момент конфигурирования.
Классическая последовательность сборки выглядит так (все операции надо делать в консоле/терминале, для удобства поставьте себе менеджер MC (похож на Нортон Коммандер)):
1. Запускаете в директории с распакованным архивом команду: ./configure
она проверит все зависимости и наличие всех установленных программ и библиотек для сборки.
2. Если нет ошибок набираете: make
происходит компилирование (сборка в бинарники) программы.
3. Если нет ошибок от имени суперпользователя, через команду: sudo make install (надо будет ввести пароль root) делаете окончательную установку программы.
Дальше можете ею пользоваться. Набираете в консоле (терминале) имя программы и запускаете.
Вот такая нехитрая процедура 😉
