Люди, огромная просьба, помочь новичку в освоении этой нелегкой темы.
Пока не знаю даже с чего начать. Порылся по Инету, информации - море, изучай - не хочу. Но как я понял этих направлений в драг дизайне большое множество, возможно из форумчан есть люди опытные, которые работали с этим или изучали самостоятельно.
Ну что вы человеку заканчивающему ВУЗ, можете порекомендовать по этому вопросу. Что интересует:
1. Что сейчас модно и перспективно?
2. С чего начать учить? (ссылки, книги и тп)
3. Есть какая нить инфа на русском?
4. Какие программки для этого использовать и опять же какие из них есть смысл изучать?
Понимаю, что наверное ткнул пальцем в небо, но прошу хотя бы направить на пусть истины 🙂
Вопрос к коллективу: у кого-то есть Sybyl или может как-то иначе выполнить COMFA?
Раздобыл сие чудо, но еще не освоился с ним, т.к. мануала нет (может у кого-то есть и может поделиться?) и не хватает знаний в данной области - в частности не знаю о значении многих предикторов и не могу интерпретировать значения (но это пока, я надеюсь на это).
Dimitrius, подскажите, что такое Sybyl и для чего вы его используете?
Как с его освоением, что получилось? Может напишите немного о работе с ним?
Буду очень благодарен!
Мощное программное решение обьединяющее в себе все современные инструменты для молекулярного моделирования, которое предоставляет все необходимое для получения результатов в самые короткие сроки.
Организованная в 1979 году американская компания Tripos L.P., была пионером в области разработок программного обеспечения для моделирования лекарств и веществ, в фармацевтической и пищевой промышленности. В настоящее время программные решения компании эффективно помогают своими инновационными методами большому колличеству предприятий и научно-исследовательским институтам ускорить идентификацию и оптимизировать новые соединения, которые обладают потенциалом, чтобы стать лидерами на рынке лекарственных препаратов, пищевых продуктов, приправ и парфюмерных ароматов. Головной офис компании находится в St.Louis, Missouri, а представительства размещены более чем в 46 странах и насчитываю более 1000 постоянных клиентов.
Молекулярное моделирование — собирательное название, относящееся к теоретическим подходам и вычислительным методам моделирования или изображения поведения молекул. Эти методы используются компьютерной химии, вычислительной биологии и науке о материалах для изучения молекулярных систем различных размеров. Простейшие вычисления могут быть выполнены вручную, но компьютеры становятся абсолютно необходимы при расчётах систем любого разумного масштаба. Общей чертой методов молекулярного моделирования является атомистический уровень описания молекулярных систем — наименьшими частицами являются атомы или небольшие группы атомов. В этом состоит отличие молекулярного моделирования от квантовой химии, где в явном виде учитываются и электроны. Таким образом, преимуществом молекулярного моделирования является меньшая сложность в описании систем, позволяющая рассмотрение большего числа частиц при расчётах. В настоящее время методы молекулярного моделирования стали обыденными при изучении структуры, динамики и термодинамики неорганических, биологических и полимерных систем.
Tripos SYBYL-X программное решение для молекулярного моделирования, которое предоставляет основные компоненты для понимания молекулярной структуры и свойств веществ с особым акцентом на создание новых объектов химического вещества.
Это описание к данной программе.
Я его использую для рассчетов свойств молекулы (гидрофобность, электронная плотность - это можно сделать и в других программах, но в данной выходит нагляднее), докинг (а вот это уже то что нужно мне). В дальнейшем планирую использовать ее для 3D QSAR предикции. Долго разбирался с докингом, а вот до 3D QSAR еще не дошел.
Товарищи! Никто не натыкался на хорошую модель аденозинового рецептора А1 человека? Если кто располагает информацией, пожалуйста, поделитесь.
Dimitrius
А не подскажите ссылки на базы? Где вообще искать эти рецепторы?
