Люди, огромная просьба, помочь новичку в освоении этой нелегкой темы.
Пока не знаю даже с чего начать. Порылся по Инету, информации - море, изучай - не хочу. Но как я понял этих направлений в драг дизайне большое множество, возможно из форумчан есть люди опытные, которые работали с этим или изучали самостоятельно.
Ну что вы человеку заканчивающему ВУЗ, можете порекомендовать по этому вопросу. Что интересует:
1. Что сейчас модно и перспективно?
2. С чего начать учить? (ссылки, книги и тп)
3. Есть какая нить инфа на русском?
4. Какие программки для этого использовать и опять же какие из них есть смысл изучать?
Понимаю, что наверное ткнул пальцем в небо, но прошу хотя бы направить на пусть истины 🙂
tetiana, большое, большое Вам спасибо! Очень содержательно и много интересного написали.
Книжку вот эту: Молекулярное моделирование. Теория и практика - уже заказал, скоро (недели через две) - приедет.
А вы можете дать ссылку где скачать номера ВЕСТН. МОСК. УН-ТА. СЕР. 2. ХИМИЯ. 2002. Т. 43. № 4, а я что то понаходил, но ничего не понял, что качать.
Все остальное сейчас пытаюсь взахлеб пересмотреть выбрать интересную инфу (по тем моментам которые Вы описали).
Вопрос программ конечно интересует, так что с нетерпением жду продолжения.
Линукс? - это, что программа такая, где её достать?
без высшего химического образования в одиночку успеха не достичь (на работу тоже берут в первую очередь органиков, иногда физиков)
Почему все так печально? Мне что идти второе высшее получать, по химии теперь???
нужен нормальный комп... если есть доступ к суперкомпу - оптимально,
Я же не в CERN работаю, где мне взять суперкомп? Может подойдет связка из нескольких компов по сети?
В общем, все равно спасибо большое за ответ!
Линукс - это операционная система (как windows, только интереснее и бесплатная), почитайте в википедии. Журнал выложу в интернете завтра, скачаете.
Получать ли 2-е высшее образование? Я не сторонник этого, попользуйтесь первым для начала. Но именно в drug design фармацевты встречаются реже химиков, физиков и программистов. И скоро Вы, наверняка, ощутите недостаток знаний именно в этих областях. Нас просто не учили отличать гастейгеровские заряды от малликеновских или левдиновских, да и на экране яичницу от нативного белка мы не сразу отличаем)).
Сеть компов использовать не пойдет. Реальная дома архитектура описана по ссылке на FireFly/GAMESS. То, что Вы работаете не в CERN, существенно уменьшает шансы на успех. Вот представьте своих коллег-конкурентов: Институт биомедицинской химии в Москве (4 этажа делают то, что Вы хотите в одиночку), Институт биофизики белка в Пущино (у них закуплены все платные программы, о которых мы только мечтать можем), The Scripps Research Institute - они докинг придумали 😉 и т.п. У нас в КПИ стоит просто отличный суперкомп, на нем работают (уже) все нужные Вам программы. Есть всемирный грид под эгидой IBM, который делает докинг на миллионах компов одновременно. И дело тут не в том, кто лучше или хуже, а в том - кто первым получит результат. Пока Вы будете несколько лет учиться, программы устареют, программисты напишут новые (а мы - фармацевты - опять будем учиться кнопочки в них нажимать).
Программы. Вам надо работать с лигандами - это программы HyperChem (учебная), ChemOffice (учебная), FireFly/GAMESS, NWChem + визуализаторы (это к 3D-QSAR). Автоматический 2D-QSAR - PASSInet. Докинг - стартуйте с AutoDock, а там уж найдете что-то свое, визуализатор, кроме его родного, берите классический ( http://www.pymol.org/). Это то, чем я пользуюсь. Можете пощелкать Dragon ( http://www.vcclab.org/lab/edragon/). Если понадобиться фолдинг - берите Modeller или YASARA. Не советую русские программы для докинга. Есть доступ к Jaguar или продукции компании Tripos - супер, у меня нет)).
Вот здесь о QSAR очень хорошо написано ( http://www.yakaboo.ua/ru/catalog/all/-41835)
А здесь - учебные программы очень подробно и доходчиво расписаны ( http://www.twirpx.com/file/136772/)
Если сможете запустить FireFly/GAMESS и AutoDock и Вам это что-то даст - пришлете мне открытку 😀
rmm, для знакомства с Линукс, рекомендую дистибутив Ubuntu он простой и интуитивный с хорошим комьюнити.
Ставьте последнюю версию. Программы под линукс как правило можно найти в исходных кодах (так называемых сырцах), так же создатели программ часто делают установочные бинарные пакеты для конкретных ОС и сразу же готовые к использованию.
Если не найдете бинарные файлы, то качайте сырцы и собирайте в бинарники на своем компе. Если не осилите этот процесс, то постарайтесь найти знакомого Линукс-гуру. Он вам это поможет сделать.
tetiana, а FireFly/GAMESS на чем написано - C/C++?
GAMESS написан на С++ с Ассемблерными вставками.
Но переписывать его не стоит, главная задача - прочитать хоть руководство 😀
😡 Тогда ясно почему этой проге такие ресурсы нужны....
А зачем его переписывать - более рационально, сделать что то новое и лучшее, а не перекрашивать велосипед краской для самолетов... 😉
tetiana, видно вы профи в drug design, по крайней мере сведущая и разбирающаяся в таких на первый взгляд не простых вещах, поделитесь на чем основаны такие подходы drug design как QSAR и pharmacophore searching ?
Делюсь. QSAR и pharmacophore searching основаны на идее, согласно которой активность вещества является функцией структуры. QSAR описывает и активность и структуру в виде числовых параметров (дескрипторов структуры и коэффициентов активности) и устанавливает между ними количественное соотношение. Pharmacophore searching - устанавливает зависимость активности (тоже выраженную числом) от наличия тех или других функциональных групп - фармакофоров.
Возможно, помогут понять суть эти выдержки из статей.
cph, надеюсь, Вы читаете на украинском языке 🙂
QSAR-дослідження складається з наступних етапів:
1) побудова молекули ліганду (2D ? 3D);
2) пошук найбільш стабільної конформації досліджуваних речовин (оптимізація геометрії молекул у водному або газовому середовищі методами молекулярної механіки, напівемпіричними або неемпіричними методами);
3) розрахунок молекулярних дескрипторів;
4) статистична обробка результатів – побудова QSAR-моделі;
5) валідація отриманої моделі.
Математична модель QSAR має вигляд рівняння, що пов’язує числові значення, наприклад, фармакологічної активності, або, взагалі, будь-якої властивості молекули з її структурою за допомогою набору молекулярних дескрипторів.
Молекулярні дескриптори – набір незалежних параметрів, які характеризують електронні, структурні, геометричні та інші особливості молекул медикаментів. За однією з класифікацій розподіляються на такі підгрупи:
1) елементарні дескриптори – брутто-формула молекули, її атомний склад, молекулярна маса тощо;
2) електронні дескриптори – набір індексів, що характеризують зарядовий розподіл молекули та її енергію;
3) геометричні дескриптори – параметри, які характеризують форму молекул;
4) фізико-хімічні дескриптори;
5) топологічні дескриптори, що базуються на дослідженні структурного графа молекул.
Фармакофорним називають такий структурний елемент або фрагмент молекули, що забезпечує фармакологічну активність. Так, наприклад, співставлення будови буспірона і джепірона (нейролептики, похідні фенотіазіну) свідчить про те, що спірофрагмент не є в цій групі лікарських речовин обов'язковим для прояву високої нейролептичної активності.
В общем я уже и по Медицинской химии книжку заказал 🙂
А почему Вы так негативно настроены к российским разработкам? Я вот про Квантум читал очень неплохие отзывы на заграничных сайтах.
Квантум вырос до неузнавания). Я 2 года назад пользовалась их прогой для определения константы связывания препаратов с разными сайтами в альбумине - удачно, но получаете только число. А вот AutoDock'ом можно кучу всего настроить. К тому же Квантум уже ориентирован как коммерческая организация - они свое ПО продают, разработчиков ограниченное количество, а самые серьезные программы все-таки научно-ориентированы и по-максимуму открыты для тестирования и переделывания (это потом их консервируют и продают). Докинг на рецепторы с их прогой у меня не получился, уже не помню почему. В общем - пробуйте, это только моя точка зрения. Меня эти псевдо-простые способы тормозили на пути к истинным методам 😀 .
