Drug Design (для чайников)

Посмотри для начала здесь:
http://www.drugdesign.org
и здесь:
http://www.hsc.wvu.edu/sop/compchem/drug_design_sites.html

Исходя из своего скромного опыта не могу не уточнить - что мы понимаем под драг дизайном? Традиционно понимается разработка ЛС "от молекулы" до готовой формы. Однако в моей бывшей жизни на одном из немаленьких украинских предприятий - так раздел и назывлся -предварительный дизайн состава - мы давали проект состава генерика по заданию маркета, с учетом возможностей произодства и желания обойти патент "брендодержателя". Потом шел комплек мероприятий по лабораторной наработке и анализу ЛС исходя из проекта. Так материалы для этого совершенно другие, и куда более скромнее, чем можно увидеть в предлагаемых коллегами сайтах! Что имеется ввиду и для чего? Институт или производство? В смысле - новое ЛС или общий принцип создания формы с использованием готового АФИ?

Спасиб за ответы!
В моем понимании драг дизайна, в первую очередь сложилось впечатление, о компьтерном моделировании процесса поиска новых молекул и подбор комплеметарных, из уже синтезированных химиками-комбинаториками, молекул под существующие рецепторы (ну как бы имею ввиду те рецепторы, структура которых уже установлена).
Я немного успел просмотреть ссылки выше, и понял что к дарг дизайну также можно отнести и моделирования параметров фармакокинетики и фармакодинамики, токсичности молекулы и много чего еще. Но тяжело сориентироваться, какие из этих многочисленных направлений являются востребованными на сегодняшний день.
Наврное должны быть интересны вопросы - докинга и qsar-моделирования, правда я не знаком с ними и в этих вопросах и понятиях и мне тяжело что то сказать по ним, если разъясните, буду очень признателен!

В наше время проще выиграть миллион в лоттерею чем спроектировать молекулу, да и еще на постсоветском пространстве. Но мечта у Вас прекрасная как для выпускника ВУЗа. Желаю Вам успехов в этом начинании. Есть только один вопрос. Предположим, вы смоделировали молекулу под конкретный рецептор. Что Вы будете дальше делать с этой моделью?

а почему бы и нет? Разработать молекулу или найти из существующих и продать это за кругленькую сумму какой-нибудь крупной инноваторской компании.
А заработанные деньги пустить дальше в подобные работы, закупить оборудование помощнее, закупить современной литературы и т.д. чем не мечта идиота?
Но она хоть и на маленький процент, но реализуема... как говорят, не получает ничего только тот, кто ничего не делает.
Понимаю, что на постсоветском пространстве мало кто этим занимается и на помощь, расчитывать особо не придется, но попытка не пытка 🙂

generationP, спасибо за ваши пожелания, может вы и информацию какую интересную подкините для чтива?

По всей видимости Вы правы, таким вопросами у нас практически никто не занимается.... 😥

Никто не занимается. А зачем? Когда есть интересные примеры. Один известный разработчик из Гнцлс придумал как капли превратить в таблетки. И запатентовал. Каплям - почти столько лет, как валидолу. Но таблеток не было.Теперь небольшая фирма становится большой благодаря эксклюзивным продажам препарата, автор неплохо живет, благодаря роялти, а большая фирма, выпускающая эти капли 20-30 лет лихорадочно ищет способы, как обойти патент. Ну, логично же - есть жидкая форма, надо расширять портфель препаратов, делать таблетки.Но вот уже 8 лет что-то не получается. И когда истечет срок патента или все-таки обойдут его как-то - уже будет "обработанный" рынок, заработаны определенные деньги на дальнейшее развитие с относительно небольшой "себестоимостью". Зачем какая-то молекула и 10-15 лет разработки и испытаний?
Все это - утрировано, но так и есть. Наверное - Увы....

Так, так udgine, не надо молодеж на плохих примерах обучать. "Правда жизни" это хорошо, но зачем? Если человек еще этим не испорчен, так незачем его к этому толкать 🙂

rmm, идея ваша в целом хороша, и если сделать правильный расклад карт, то и продать можно все что угодно западным компаниям, тем более на Западе аутсорсинг очень даже неплохо развит в этом плане. Если продать не получится, то в крайнем случае могут на работу пригласить!
Рекомендую также к ознакомлению: http://www.qsarworld.com/

QSAR и докинг, действительно, самые развитые подходы в дизайне препаратов. Посмотрела тему и уж было собралась написать о "Правде жизни", но согласна, что это просто плохие примеры))). 7 лет назад я была преисполнена точно таких же романтических планов. Мой drug design закончился диссертацией и воспоминаниями об интересном времени, хотя другие наши соотечественники преуспели больше)). Всегда было обидно, что люди, которые реально этими вещами занимаются, утрачивают дар общения начисто. Сделаю исключение и чем смогу - помогу.
1. Drug Design не бывает для для чайников, минимальные требования к старту таковы: читать будете только по-английски (даже русские программы описаны по-английски, потому что у нас это никому не надо),
без высшего химического образования в одиночку успеха не достичь (на работу тоже берут в первую очередь органиков, иногда физиков),
нужен нормальный комп (требования посмотрите, например, здесь http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html, эта программа Вам может понадобиться и она типична для работы с лигандами, докинговые потянут еще больше ресурсов), если есть доступ к суперкомпу - оптимально,
линукс должен стать Вам родным, все самое лучшее сделано в нем, программы, в смысле. Не пытайтесь обойтись виндой, это обречено на провал, пробовали неоднократно.
Нужен доступ к полнотекстовым статьям, всегда быть в курсе и брать только самые свежие молекулы (в первую очередь - мишени, лиганды можно и старые))).
Личная жизнь, сон и еда не только бесполезны, но и вредны в данном начинании 😉
Если все перечисленное выше у Вас есть, переходите к изучению матчасти. Не читайте все подряд!, вся жизнь уйдет. Ответы на вопросы
1. Что сейчас модно и перспективно?
2. С чего начать учить? (ссылки, книги и тп)
3. Есть какая нить инфа на русском?
содержатся в книге http://www.universitybooks.ru/cat.asp?o=45160, прочитаете ее - сэкономите массу времени;
прилично также иметь эту книгу Patrick G. L. Introduction to Medicinal Chemistry (почему-то у всех она есть), но она оч. обобщенная без конкретных указаний.
Ознакомтесь с работами наших ближайших коллег (В.А. Палюлин, Н.С. Зефиров), у них целый институт делает то, что Вы планируете в одиночку. Скачайте и прочитайте весь номер этого журнала: ВЕСТН. МОСК. УН-ТА. СЕР. 2. ХИМИЯ. 2002. Т. 43. № 4. - он хоть и старый, но дает отличное общее представление о происходящем.
И самый главный совет (написанный на обложке журнала Annual Reports in Computational Chemistry, который читать регулярно очень настоятельно рекомендую): убедитесь, что Вы плывете в правильной лодке! Найдите себе путевого научного руководителя или отдел, занимающийся подобными исследованиями, это сэкономит кучу Ваших сил и времени.
Если вопрос:
4. Какие программки для этого использовать и опять же какие из них есть смысл изучать?
еще актуален, напишу в след. раз, а то и так затянулось 🙂
Удачи!