Drug Design (для чайников) - Дослідження та розробка (R&D) https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/ Форум PHARM COMMUNITY uk Fri, 14 Aug 2026 15:06:15 +0000 wpForo 60 Re:Re: Drug Design (для чайников) https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/paged/5/#post-1746 Wed, 29 Feb 2012 19:25:14 +0000 Dimitrius
А не подскажите ссылки на базы? Где вообще искать эти рецепторы?]]> Дослідження та розробка (R&D) rmm https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/paged/5/#post-1746 Re:Re: Drug Design (для чайников) https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/paged/5/#post-1745 Wed, 14 Dec 2011 18:56:25 +0000 Дослідження та розробка (R&D) Dimitrius https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/paged/5/#post-1745 Re:Re: Drug Design (для чайников) https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/paged/5/#post-1744 Sat, 24 Sep 2011 18:19:50 +0000 Мощное программное решение обьединяющее в себе все современные инструменты для молекулярного моделирования, которое предоставляет все необходимое для получения результатов в самые короткие сроки.

Организованная в 1979 году американская компания Tripos L.P., была пионером в области разработок программного обеспечения для моделирования лекарств и веществ, в фармацевтической и пищевой промышленности. В настоящее время программные решения компании эффективно помогают своими инновационными методами большому колличеству предприятий и научно-исследовательским институтам ускорить идентификацию и оптимизировать новые соединения, которые обладают потенциалом, чтобы стать лидерами на рынке лекарственных препаратов, пищевых продуктов, приправ и парфюмерных ароматов. Головной офис компании находится в St.Louis, Missouri, а представительства размещены более чем в 46 странах и насчитываю более 1000 постоянных клиентов.

Молекулярное моделирование — собирательное название, относящееся к теоретическим подходам и вычислительным методам моделирования или изображения поведения молекул. Эти методы используются компьютерной химии, вычислительной биологии и науке о материалах для изучения молекулярных систем различных размеров. Простейшие вычисления могут быть выполнены вручную, но компьютеры становятся абсолютно необходимы при расчётах систем любого разумного масштаба. Общей чертой методов молекулярного моделирования является атомистический уровень описания молекулярных систем — наименьшими частицами являются атомы или небольшие группы атомов. В этом состоит отличие молекулярного моделирования от квантовой химии, где в явном виде учитываются и электроны. Таким образом, преимуществом молекулярного моделирования является меньшая сложность в описании систем, позволяющая рассмотрение большего числа частиц при расчётах. В настоящее время методы молекулярного моделирования стали обыденными при изучении структуры, динамики и термодинамики неорганических, биологических и полимерных систем.

Tripos SYBYL-X программное решение для молекулярного моделирования, которое предоставляет основные компоненты для понимания молекулярной структуры и свойств веществ с особым акцентом на создание новых объектов химического вещества.
Это описание к данной программе.
Я его использую для рассчетов свойств молекулы (гидрофобность, электронная плотность - это можно сделать и в других программах, но в данной выходит нагляднее), докинг (а вот это уже то что нужно мне). В дальнейшем планирую использовать ее для 3D QSAR предикции. Долго разбирался с докингом, а вот до 3D QSAR еще не дошел.]]> Дослідження та розробка (R&D) Dimitrius https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/paged/5/#post-1744 Re:Re: Drug Design (для чайников) https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/paged/5/#post-1743 Tue, 20 Sep 2011 18:33:05 +0000 Dimitrius, подскажите, что такое Sybyl и для чего вы его используете?
Как с его освоением, что получилось? Может напишите немного о работе с ним?
Буду очень благодарен!]]> Дослідження та розробка (R&D) rmm https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/paged/5/#post-1743 Re:Re: Drug Design (для чайников) https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/paged/5/#post-1742 Thu, 21 Apr 2011 15:25:28 +0000

Вопрос к коллективу: у кого-то есть Sybyl или может как-то иначе выполнить COMFA?

Раздобыл сие чудо, но еще не освоился с ним, т.к. мануала нет (может у кого-то есть и может поделиться?) и не хватает знаний в данной области - в частности не знаю о значении многих предикторов и не могу интерпретировать значения (но это пока, я надеюсь на это).

]]> Дослідження та розробка (R&D) Dimitrius https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/paged/5/#post-1742 Re:Re: Drug Design (для чайников) https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/paged/4/#post-1704 Sun, 10 Apr 2011 16:08:23 +0000 Исследую в сфере QSAR, использую МОЕ для оптимизации геометрии и расчета некоторых дескрипторов, E-Dragon (там где-то выше и ссылка) для большинства дескрипторов, SciLab (бесплатный) для QSAR моделирования.

1. Я на Windows. Не пугайте людей Линуксом и консольными командами. Тем более современный Линукс дружественный к пользователю и легко ставится. Страшные те программы, которые вы хотите дальше на Линуксе разворачивать.

2. Для QSAR достаточно старенького двухъядерного ноутбука нумером один. Для докинга не скажу потому что еще не знаю.

3. PASS оценивает насколько ваша молекула близка к уже известным активным молекулам. Польза от такого есть, но ограниченная. Для докинга лучше выбрать сначала несколько наиболее различных соединений, тогда определить лучшее, затем еще один докинг наиболее похожих соединений на лучшее.

4. Обратите внимание: докинг делается только к белку, для которого у вас есть структура, найденная рентгеноструктурным анализом в момент присоединения к нему заведомо активного вещества сравнения (ищите в интернете). Докинг дает относительную оценку: лучше ли ваше соединение связывается (почти фантастика!), или чуть хуже, или намного хуже.

Вопрос к коллективу: у кого-то есть Sybyl или может как-то иначе выполнить COMFA?

]]> Дослідження та розробка (R&D) o_devinyak https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/paged/4/#post-1704 Re:Re: Drug Design (для чайников) https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/paged/4/#post-1705 Sat, 09 Apr 2011 12:55:48 +0000 1. Проверяете свои соединения на соответствие "правилу 5".
2. Для тех соединений, которые соответствуют - берите PASS и смотрите по коэффициенту активности в нем, так отбираете какую-то часть соединений из своей большой библиотеки. В нем же смотрите возможную специфическую токсичность. Программу можно получить легально, проблем с публикациями не будет.
3. Для самых активных по PASS соединений (к примеру, 15) делаете докинг на AutoDock. Ранжируете по отрицательным значениям энергий комплексов. Но! Мишень должна быть хорошего качества - оптимально, чтоб на нее уже делали удачный докинг. Свои соединения тоже хорошенько готовите: выясните, какое окружение будет в мишени, надо ли учитывать сольватацию, проверьте геометрию хорошим методом (стоит брать одну конформацию или несколько для каждого соединения).
Это одна стратегия. Вторая:
1. Если все соединения одного ряда и для части активность определена экспериментально, делаете свою QSAR-модель и по ней работаете (очень удобно, можно автоматизировать, но к мишени никакого отношения не имеет).
2. Если Вы работаете с фармакофорными группами, т.е. понимаете, зачем нужна каждая часть - сделайте 3D-QSAR на coMFA.

Токсичность:
На LD50 для своих рядов соединений лучше всего делать свое же QSAR-уравнение (часть делаете на мышах, остальную часть - прогнозируете, потом проверяете прогноз). Есть платные сервисы (к примеру, http://www.aurorafinechemicals.com/hit-to-lead.html), но свой QSAR будет лучше, все токсикологи так и делают, и тенденция эта продолжает расти (потом можно модель патентовать, описывать, использовать, регистрировать в международных базах).

Метаболизм: ищите ADMET prediction (что-то типа этого http://www.simulations-plus.com/Products.aspx?grpID=1&cID=11&pID=13), бесплатных я не встречала.]]> Дослідження та розробка (R&D) tetiana https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/paged/4/#post-1705 Re:Re: Drug Design (для чайников) https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/paged/4/#post-1740 Sat, 09 Apr 2011 08:55:47 +0000 Дослідження та розробка (R&D) Dimitrius https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/paged/4/#post-1740 Re:Re: Drug Design (для чайников) https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/paged/4/#post-1739 Fri, 08 Apr 2011 18:53:16 +0000 Дослідження та розробка (R&D) tetiana https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/paged/4/#post-1739 Re:Re: Drug Design (для чайников) https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/paged/4/#post-1703 Thu, 31 Mar 2011 18:11:20 +0000 tetiana, спасибо, что так быстро откликнулись.
Больше - лучше взять другую технику, не докинг.

А какую не подскажите? Просто в литературе я натыкался на рецепторы-мишени для наших производных и даже несколько рецепторов нашел по библиотекам.
Если объясните, зачем это хоть теоретически может быть надо - посмотрю подробнее.

Просто для того чтобы что-то искать нужно знать что искать - это касается анализов. И 2-й момент - продукты распада могут дать картину о вторичном действии. Я предполагаю, что после модификации, с малой степенью вероятности, может "отлететь" фармакофорная группа.
Аналогично со вторым вопросом. Моделирование токсичности развивалось по своему отдельному пути. До сих пор не могу отбиться от менеджера, который пытается мне продать базу данных (не уверена, что в функции этой базы входит и прогнозирование). Точно знаю, что специфическую токсичность можно прогнозировать.

Так понимаю, что ЛД50 лучше по старинке на мышках...]]> Дослідження та розробка (R&D) Dimitrius https://pharm-community.com/forum/r-and-d/drug-design-%d0%b4%d0%bb%d1%8f-%d1%87%d0%b0%d0%b9%d0%bd%d0%b8%d0%ba%d0%be%d0%b2/paged/4/#post-1703